Durante o processo educacional do Ensino Fundamental II, os alunos estão chegando à adolescência. É neste momento da vida que os estudantes devem priorizar a construção do saber, por isso nosso Colégio desenvolve atividades educativas no intuito de garantir a convivência dos jovens no mundo social e cultural. Nesta etapa do ensino, os alunos se aprofundam nas ciências disciplinares e interdisciplinares, desenvolvendo uma rotina escolar ainda mais apurada, independente e produtiva. No Colégio Santíssimo Senhor o Ensino Fundamental II compreende as turmas que vão do 6º ao 9º ano.